Dando um salto no tempo até 2004, os jogadores podem voltar a juntar-se a Leon, que é agora um agente americano com uma missão ultra-secreta. Leon foi encarregue da investigação do rapto da filha do Presidente e as suas buscas conduziram-no até uma misteriosa localidade européia. Leon vai encontrar horrores inimagináveis e terá de descobrir quem ou o quê é responsável por tudo isto.